Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms