Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC17.39■□□□□ 0.38
HOXD4P09016 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
HOXD4P09016 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms