Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
ZNF541Q9H0D2 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC106795.1-205ENST00000512851 1056 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms