Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC28AQ8IWP9 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC28AQ8IWP9 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms