Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
USF3Q68DE3 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms