Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88BA6NC98 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
CCDC88BA6NC98 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms