Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIMCH1Q9UPQ0 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIMCH1Q9UPQ0 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms