Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
CCDC54Q8NEL0 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms