Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CHD3Q12873 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
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