Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC19.69■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
COL4A3Q01955 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms