Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
BRCA1P38398 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
BRCA1P38398 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.5 ms