Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PRDX3P3-201ENST00000447765 522 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 CDH12P2-201ENST00000504393 298 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 WBP1LP4-201ENST00000505043 344 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 HMGN1P15-201ENST00000513870 295 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 RN7SKP289-201ENST00000517244 295 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 MRPL51-207ENST00000543959 472 ntTSL 3 BASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AGGF1P8-201ENST00000562979 1000 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AC010547.3-201ENST00000569271 440 ntTSL 2 BASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 MIR6868-201ENST00000611215 58 ntBASIC3.29□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 RTN4-209ENST00000405240 4061 ntTSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 MFSD8-236ENST00000641509 4050 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 CDH8-205ENST00000577730 8009 ntTSL 5 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 QKI-202ENST00000361195 1063 ntTSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 RNA5SP51-201ENST00000364750 119 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 Y_RNA.500-201ENST00000384466 111 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 RNA5SP239-201ENST00000410218 129 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AL139383.1-203ENST00000445227 420 ntTSL 3 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 LINC01825-201ENST00000452381 850 ntTSL 3 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 UBDP1-202ENST00000457888 382 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AC106707.2-201ENST00000484182 374 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 LINC02506-201ENST00000513211 734 ntTSL 3 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 MTND1P6-201ENST00000523621 946 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 SPAG11B-207ENST00000528168 481 ntTSL 5 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 MIR670HG-201ENST00000533531 897 ntTSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 TRAV15-201ENST00000556680 249 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AC025627.2-201ENST00000576220 160 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 APOC2-203ENST00000590360 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AC244505.7-201ENST00000599675 272 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 AL022097.1-201ENST00000602500 806 ntTSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 ZNF804A-202ENST00000613975 3986 ntTSL 5 BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 FNDC3A-202ENST00000398316 5714 ntTSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 IPO8P1-201ENST00000455509 3109 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 KLRC1-201ENST00000347831 1332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 BDP1P-201ENST00000582658 1990 ntBASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 ZNF280D-201ENST00000267807 4328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.28□□□□□ -1.88
CHD3Q12873 USP26-201ENST00000370832 3642 ntAPPRIS P1 BASIC3.28□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 SYF2-202ENST00000354361 926 ntTSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 TRAJ18-201ENST00000390519 66 ntAPPRIS P1 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC108681.1-202ENST00000417384 589 ntTSL 4 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC007349.1-201ENST00000419326 587 ntTSL 4 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL355340.1-201ENST00000433085 344 ntTSL 3 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 RPS20P1-201ENST00000434853 354 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC005871.1-201ENST00000450247 475 ntTSL 3 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 BX510359.1-201ENST00000456973 237 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL136097.2-201ENST00000457003 333 ntTSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 UBE2CP3-201ENST00000502715 450 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 IGKV2-38-201ENST00000517443 247 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 PCAT1-201ENST00000519319 734 ntTSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL356215.1-201ENST00000528366 1102 ntTSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC013762.1-201ENST00000531136 467 ntTSL 3 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 SULT6B1-205ENST00000535679 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC245100.2-201ENST00000454544 1679 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 RNF17-201ENST00000255324 5119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 FAM214A-216ENST00000619572 3548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 FIGNL1-201ENST00000356889 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AKAP14-204ENST00000371431 977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC092155.1-202ENST00000416111 932 ntTSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 C4orf26-202ENST00000435974 560 ntTSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 LINC00393-202ENST00000452852 485 ntTSL 3 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC006511.1-201ENST00000470614 315 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC078828.1-201ENST00000471993 458 ntTSL 3 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 OPRM1-223ENST00000524163 1251 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AP003733.3-201ENST00000524942 788 ntTSL 2 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 DISC1FP1-201ENST00000561596 545 ntTSL 5 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC010601.1-202ENST00000567304 547 ntTSL 4 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 MIMT1-201ENST00000597105 1050 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL008729.1-201ENST00000606627 553 ntTSL 4 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC128687.2-201ENST00000609657 566 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC135507.2-201ENST00000612443 309 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 MESTIT1_2.1-201ENST00000616328 235 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 CCNYL2-203ENST00000638057 730 ntTSL 3 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL592437.2-201ENST00000421655 2434 ntBASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 IQGAP2-202ENST00000379730 5442 ntTSL 5 BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 ENPP3-202ENST00000358229 3026 ntTSL 1 (best) BASIC3.27□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 G2E3-201ENST00000206595 5804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 UBA6-201ENST00000322244 9564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 ABCD2-201ENST00000308666 6238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL365361.1-201ENST00000566942 3481 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 CAPZA3-201ENST00000317658 1087 ntAPPRIS P1 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 SLAMF6-201ENST00000368055 730 ntTSL 2 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL365396.1-201ENST00000430854 671 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 KCTD9P3-201ENST00000434597 1169 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AL353681.1-201ENST00000435828 731 ntTSL 3 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 GPC6-AS2-201ENST00000445540 587 ntTSL 5 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 MTND2P25-201ENST00000449028 610 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 ETV5-AS1-201ENST00000453370 560 ntTSL 4 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC239798.3-201ENST00000454459 408 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC092691.2-201ENST00000461787 803 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 RN7SKP57-201ENST00000517248 293 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 NARSP2-201ENST00000518524 679 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 SULT1C2P2-201ENST00000562517 294 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 DYNAP-202ENST00000585973 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC020914.6-201ENST00000594327 272 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC015849.3-201ENST00000603981 488 ntTSL 5 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 STARD13-AS-221ENST00000608197 604 ntTSL 5 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 AC015722.2-201ENST00000622210 551 ntBASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 PMS1-215ENST00000447232 2576 ntTSL 2 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 NUDT12-201ENST00000230792 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 PLS3-203ENST00000420625 3150 ntTSL 5 BASIC3.26□□□□□ -1.89
CHD3Q12873 TNNI3K-201ENST00000326637 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.26□□□□□ -1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 104.1 ms