Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LHX3Q9UBR4 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
LHX3Q9UBR4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms