Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC87Q9NVE4 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC87Q9NVE4 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms