Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CLN3Q13286 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
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