Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
CHD3Q12873 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
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