Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG3P49916 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG3P49916 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIG3P49916 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG3P49916 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG3P49916 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG3P49916 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIG3P49916 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms