Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms