Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC39Q9UFE4 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms