Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
NUP88Q99567 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
NUP88Q99567 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms