Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CCDC54Q8NEL0 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC54Q8NEL0 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms