Protein–RNA interactions for Protein: Q13185

CBX3, Chromobox protein homolog 3, humanhuman

Predictions only

Length 183 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CBX3Q13185 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
CBX3Q13185 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms