Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL5A3P25940 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL5A3P25940 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms