Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VPS53Q5VIR6 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms