Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 RBPJL-203ENST00000372743 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
USP4Q13107 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
USP4Q13107 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
USP4Q13107 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
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