Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SMARCA1P28370 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMARCA1P28370 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms