Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AL136038.3-201ENST00000561909 1096 ntBASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3.01
CCDC88BA6NC98 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms