Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN3AQ9NY46 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
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