Protein–RNA interactions for Protein: Q9H3S1

SEMA4A, Semaphorin-4A, humanhuman

Predictions only

Length 761 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA4AQ9H3S1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SEMA4AQ9H3S1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SEMA4AQ9H3S1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SEMA4AQ9H3S1 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SEMA4AQ9H3S1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SEMA4AQ9H3S1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114 ms