Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HSPB2-C11orf52-202ENST00000534100 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SAAL1-202ENST00000524803 1582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
ATG4BQ9Y4P1 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms