Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PCMT1-203ENST00000367384 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC39Q9UFE4 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms