Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP4Q13107 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP4Q13107 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
USP4Q13107 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP4Q13107 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP4Q13107 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
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