Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CTCFP49711 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CTCFP49711 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms