Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
NUP88Q99567 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
NUP88Q99567 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms