Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC43Q96MW1 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC43Q96MW1 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms