Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
TFF3Q07654 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
TFF3Q07654 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms