Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
COL4A3Q01955 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
COL4A3Q01955 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms