Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
HOXA4Q00056 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms