Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SYNE3Q6ZMZ3 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SYNE3Q6ZMZ3 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms