Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
PDLIM3Q53GG5 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
PDLIM3Q53GG5 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51 ms