Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA4Q00056 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms