Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
HOXD3P31249 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms