Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms