Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CHMP4CQ96CF2 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms