Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL18A1P39060 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
COL18A1P39060 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms