Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXC9P31274 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXC9P31274 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms