Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC140Q96MF4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms