Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC42Q96M95 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC42Q96M95 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms