Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SKA1Q96BD8 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms