Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AL450996.1-201ENST00000445574 1202 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL139121.1-201ENST00000445647 244 ntTSL 2 BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC108161.1-201ENST00000461060 402 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 SPRR2F-201ENST00000468739 681 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 RPL23AP82-206ENST00000480246 2987 ntTSL 1 (best) BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC004815.1-201ENST00000484185 331 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC015522.1-201ENST00000523678 640 ntTSL 3 BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 HIGD1AP5-201ENST00000529959 259 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC136944.1-201ENST00000567464 560 ntTSL 5 BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC145423.1-201ENST00000605712 336 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL139099.4-201ENST00000614802 114 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL391425.1-202ENST00000617518 774 ntTSL 5 BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AP001885.1-201ENST00000621658 558 ntBASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CA5B-201ENST00000318636 6835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC098679.1-203ENST00000505532 2227 ntTSL 2 BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 STAG2-203ENST00000371145 4393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.95□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LNPEP-201ENST00000231368 12752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC01504-201ENST00000436054 2078 ntTSL 2 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 SVIL-202ENST00000375398 8201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 SUCLG1-201ENST00000393868 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 MSR1-202ENST00000350896 3572 ntTSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CD200R1L-204ENST00000488794 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC006058.1-201ENST00000568686 5067 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL355377.1-201ENST00000621125 1653 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 NAV2-202ENST00000360655 10667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CLASP1-202ENST00000397587 7915 ntTSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL080276.2-201ENST00000637995 2090 ntTSL 3 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 GPN1-205ENST00000458167 1618 ntTSL 2 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC093277.1-201ENST00000637776 1622 ntTSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CCL8-201ENST00000394620 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL645927.1-201ENST00000396783 406 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 OR2W4P-201ENST00000406496 926 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 RN7SKP151-201ENST00000410230 316 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC116036.1-201ENST00000412199 367 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AF015720.1-201ENST00000412240 349 ntTSL 3 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC01507-201ENST00000417801 446 ntTSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 OR5W1P-201ENST00000423705 938 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC016027.5-201ENST00000427227 210 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 FABP7P2-201ENST00000429946 379 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL139280.1-201ENST00000436340 463 ntTSL 3 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 SPRYD7P1-201ENST00000443861 570 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC02006-201ENST00000488210 524 ntTSL 4 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC124893.1-201ENST00000496247 545 ntTSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ASB8-202ENST00000535055 657 ntTSL 2 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 MIR762HG-201ENST00000564901 648 ntTSL 2 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 GMFG-212ENST00000602185 423 ntTSL 3 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 FO393422.1-201ENST00000603908 708 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL137246.2-201ENST00000613439 662 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL513314.2-201ENST00000621440 545 ntTSL 5 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 MIR6810-201ENST00000622701 70 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL450226.2-201ENST00000622913 439 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL691477.1-201ENST00000624398 162 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZSCAN26-201ENST00000316606 2362 ntTSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC130304.1-201ENST00000622942 2385 ntBASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 MIAT-218ENST00000613780 10143 ntTSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CD47-201ENST00000355354 5020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 C17orf78-203ENST00000611038 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.94□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 POLR1D-218ENST00000636817 4592 ntTSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC006511.3-201ENST00000624929 1783 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 THAP12P9-201ENST00000503971 2360 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AMOT-206ENST00000524145 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC01138-208ENST00000639159 1521 ntTSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZCCHC2-204ENST00000586834 4765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ATOX1-203ENST00000521264 4341 ntTSL 2 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ATP10D-201ENST00000273859 6655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LRRTM3-201ENST00000361320 4358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC126120.1-201ENST00000431082 470 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 FTH1P2-201ENST00000466086 412 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC115223.1-201ENST00000466377 870 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC104831.1-201ENST00000470024 444 ntTSL 3 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CCDC11P1-201ENST00000503137 1162 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC02039-201ENST00000507428 566 ntTSL 4 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 TPM3P3-201ENST00000521343 354 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 KLRD1-209ENST00000543420 802 ntTSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 GARSP1-201ENST00000570895 719 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZNF230-204ENST00000585632 579 ntTSL 2 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AC098617.1-205ENST00000595918 1032 ntTSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC02340-201ENST00000610335 626 ntTSL 3 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CU639417.4-201ENST00000623928 207 ntBASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 SUPT3H-206ENST00000637763 498 ntTSL 3 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 FAM72B-201ENST00000355228 1773 ntTSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 C11orf63-203ENST00000531316 2782 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 USF3-201ENST00000316407 13708 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CCP110-202ENST00000396208 5151 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 RUNX1T1-249ENST00000613886 7401 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZEB1-201ENST00000320985 5423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 PSG7-201ENST00000406070 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CHD8-201ENST00000399982 8229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 OOSP2-201ENST00000278855 1633 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 CASC15-207ENST00000607048 1634 ntTSL 2 BASIC8.93□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 FBXL17-203ENST00000496714 3773 ntTSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZNF718-201ENST00000510175 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 SLC7A2-202ENST00000398090 7557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZNF624-201ENST00000311331 4241 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 ZNF782-208ENST00000535338 3296 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL359636.2-201ENST00000412262 259 ntTSL 3 BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL357752.1-201ENST00000412817 349 ntBASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL731534.1-201ENST00000434711 269 ntBASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 AL353804.1-201ENST00000444482 451 ntTSL 5 BASIC8.92□□□□□ -0.98
TCOF1Q13428 LINC01729-201ENST00000450640 358 ntTSL 3 BASIC8.92□□□□□ -0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.4 ms